Přesné podmínky pro jejich vyhlášení stanovuje zákon č. 114/1992 Sb. v platném znění. Hlavní rozdíl lze vidět v tom, že zatímco na vzniku NPP se mohl svou činností podílet i člověk (mohl zde proběhnout nějaký lidský zásah, případně dokonce celá lokalita mohla vzniknout činností člověka – např. vytěžený lom), NPR jsou lokality prakticky čistě přírodního charakteru. Konkrétní území může patřit vždy pouze do jedné z těchto dvou kategorií, nemůže tedy být v obou zároveň. Je však naopak běžné, že maloplošná zvláště chráněná území jsou součástí velkoplošných zvláště chráněných území, tedy např. chráněných krajinných oblastí či národních parků.
Foto v záhlaví: zdroj Wikimedia Commons, Autor Černinka – Vlastní dílo, CC BY-SA 4.0