Systém organismů byl až do 19. století vytvářen především na základě srovnávání vnější podoby a vnitřní stavby, tedy morfologie a anatomie. Význam jednotlivých znaků však byl dán především subjektivním (předpojatým) pohledem konkrétního badatele. Od 20. století se ale začaly rozvíjet metody, které poskytovaly výsledky čím dál víc nezávislé na pozorovateli.
Zdaleka nejdůležitějším souborem znaků, podle nichž dnes třídíme organismy, jsou různé vlastnosti DNA – počínaje počtem a stavbou chromozómů až po pořadí nukleotidů (základních stavebních kamenů genetické informace). Znaky založené na DNA změnily v průběhu druhé poloviny 20. století velmi dramaticky náš pohled na rozmanitost života.

Výzkumy prováděné v posledních 25 letech byly natolik převratné, že k podstatným změnám v uspořádání a pojetí jednotlivých skupin organismů došlo hned několikrát. Pokud bychom srovnali například knihy zabývající se systémem rostlin vyšlé v 80. letech dvacátého století, koncem 90. let a v současnosti, pak bychom zjistili, že se od sebe zásadně liší. S trochou nadsázky vypadají, jako by popisovaly květenu různých planet.
Soudobá taxonomie (věda o třídění organismů) také postupně klade čím dál menší důraz na velké množství hierarchických kategorií – k nimž patří říše, podříše, nadkmen, kmen, podkmen a další až po poddruh či formu. Více pozornosti se dnes věnuje uspořádání do jakýchsi příbuzenských stromečků (kladogramů), které si můžeme snadno představit jako rodokmeny.
Všechno podobné třídění má však jen charakter berličky pro naše vnímání života, a nesmíme je proto přeceňovat. Velkým problémem jsou pro taxonomii například druhy vzniklé křížením. Nikdy nebudeme schopni dosáhnout úplně pravdivého systému organismů – ale můžeme se mu snažit co nejvíce přiblížit.

