Jak tomu ale v přírodě bývá, i zde existují výjimky. Mezi hermafrodity najdeme i takové, u nichž gonozomy existují. Jde kupříkladu o háďátko obecné (Caenorhabditis elegans; na obrázku v záhlaví). Oproti většině hlístic, které mají pohlaví rozlišená na samce a samice, háďátko obecné má „pohlaví“ samec a hermafrodit. Ten se umí oplodnit sám nebo k tomu využít samce. Obě „pohlaví“ se liší v kombinaci gonozomů: samci mají kombinace XO, hermafroditi XX. Hermafroditismus je tedy v tomto případě vyloženě dán gonozomy.

V případě lidí je užití slova hermafrodit zavádějící, protože se nejedná o skutečnou oboupohlavnost, ale pouze o přítomnost obou typů genitálií, mužských i ženských. Dnes se těmto jedincům obvykle říká intersexuálové. Lidští „hermafroditi“ gonozomy samozřejmě mají, někdy dokonce v nestandardních počtech (jeden nebo tři namísto dvou). U nich se totiž v podstatě jedná o poruchu a nikoli o typický znak.
V této souvislosti je důležité zmínit, že u některých gonochoristů (druhů s odděleným pohlavím) naopak gonozomy chybí a funguje u nich jiný způsob určení pohlaví než genetický. Například u krokodýlů určuje pohlaví okolní teplota. Pokud je nad 32° C, líhnou se z krokodýlího vejce samci, pokud je pod 31° C, líhnou se samice.
A velmi zvláštní případ reprezentují mořští tvorové rypohlavci. Pokud se jejich larvy vyskytnout v blízkosti samice rypohlavce, vyvinou se z nich samci. Pokud nikde poblíž žádná samice není, vyvine se z larvy samice, která je navíc násobně větší než samec.
O tom, jak je to s chromozomálním určením pohlaví u obratlovců jsme již podrobně psali zde.