Virus HIV napadá bílé krvinky (lymfocyty), přesněji jednu skupinu bílých krvinek. Imunitní systém se skládá z více typů buněk. Pro imunitní odpověď jsou důležité B lymfocyty (produkují protilátky) a T lymfocyty.
T lymfocyty se dělí do dvou skupin. První z nich jsou cytotoxické T lymfocyty. Rozeznávají buňky, které jsou napadeny viry nebo jinými původci chorob (patogeny) a takové buňky specificky zabíjejí. Druhou skupinou jsou pomocné T lymfocyty. Jak napovídá už jejich název, pomáhají ostatním buňkám imunitního systému – hlavně B lymfocytům – při zneškodňování patogenů. Virus HIV napadá právě pomocné T lymfocyty.
Když HIV vstoupí do buňky, vloží se jeho genetická informace (zapsaná v molekulách RNA) do DNA hostitelských buněk. Následně se genetická informace viru pomnoží, vytvoří se virové bílkoviny a sestaví se virové částice (viriony). Ty opouštějí buňku a mohou v organismu dále šířit infekci.
Po nakažení jedince nastává akutní fáze infekce, která se projevuje symptomy podobnými chřipce. Dochází k intenzivnímu množení viru a silné imunitní odpovědi. Během několika týdnů pak hladina viru v krvi výrazně klesne, vytvoří se velké množství protilátek proti němu a vznikne také mnoho cytotoxických T lymfocytů, které zabíjejí nakažené buňky.
Stejný stav přetrvává v další, takzvané bezpříznakové fázi. Může trvat i více než 10 let, přičemž u pacienta se neprojevují žádné příznaky onemocnění. V tomto stadiu choroby je však infikován velký počet pomocných T lymfocytů, jež hynou v důsledku virové infekce, nebo jsou zabity cytotoxickými T lymfocyty. Současně je produkováno mnoho nových pomocných T lymfocytů, které kompenzují ztráty.
Po určité době se vyčerpá schopnost nahrazovat masivní ztráty pomocných T lymfocytů, dojde k jejich poklesu a k poruchám imunity. Nemoc se dostane do fáze, kdy se projeví její symptomy – pacienti trpí různými infekčními chorobami. Nakonec počet pomocných T lymfocytů klesne téměř na nulu, postupně selhávají všechny složky imunitního systému a rozvíjí se onemocnění získané imunodeficience (AIDS).
Nakažený tedy neumírá přímo na následky infekce virem HIV, ale proto, že se jeho organismus nedokáže bránit jiným, mnohdy pro zdravého člověka neškodným patogenům. HIV likviduje naši imunitu přímo, neboť se pomnožuje v pomocných T lymfocytech. Imunitu si ovšem ničí také organismus sám – zabíjí napadené buňky, což jsou jeho vlastní pomocné T lymfocyty.
